E. Morin (« Introduction à la pensée complexe ») insiste sur le fait que la complexité croissante nous met dans l’impératif de penser autrement l’organisation. On constate, en effet, que le contexte d’innovation et de restructuration des entreprises dans la dynamique de la mondialisation a fait émerger deux tendances, qui se sont affirmées à la fin des années 1990 et se recouvrent le plus souvent dans les organisations : l’importance grandissante des réseaux d’entreprises  et des réseaux sociaux (ou la nécessité de penser l’activité dans un cadre partenarial) ; l’organisation par projet.

La gestion devient dès lors une discipline complexe dont l’objectif est avant tout de maintenir la cohérence des stratégies économiques. De ce constat, naît un double besoin :
besoin d’apprendre de nouveaux outils de gestion, notamment dans le cadre des projets partagés : il faut pouvoir gérer un ensemble d’intervenants et d’informations hétérogènes, ce qui suppose une maîtrise des supports technologiques et une vision transdisciplinaire des métiers de la production, de l’information et de la gestion ;
besoin d’acquérir une vision transversale de l’entreprise : les profondes évolutions de l’environnement économique et technologique poussent les entreprises à repenser leurs processus de gestion selon des modèles transversaux orientés vers les clients, avec de nouveaux enjeux de contrôle, tant à l’intérieur qu’à l’extérieur des organisations. C’est ainsi que les frontières des entreprises se déforment ou s’estompent sous l’influence de l’innovation technologique.

La formation proposée a pour objectif de permettre, tout à la fois, de :
comprendre le niveau des processus physiques de transformation de la matière, de l’énergie, du travail ;
comprendre les systèmes d’information et de communication afin de savoir les mettre en œuvre ;
maîtriser les nouvelles techniques de management.
Elle vise à apporter aux étudiants une compétence intégrée de management des systèmes de production, systèmes d’information et systèmes de gestion.

C’est pourquoi le projet pédagogique de la licence puis du master Ingénierie des organisations, intègre dans ses programmes et dans sa structure même ce souci de pluridisciplinarité et d’approche transversale de l’organisation.

Le programme de formation MER allie formation théorique adaptée aux nouvelles formes d’organisation, reposant sur la recherche (avec l’appui du laboratoire Gestion et Cognition) et formation professionnelle.

Formation théorique
Elle s’articule autour de quatre grands axes :
une formation en langues vivantes,
une formation conceptuelle et technique sur les trois sous-systèmes de l’entreprise : système opérant, système d’information et système de décision,
une formation sur les méthodes de modélisation et de résolution des problèmes de gestion,
une formation en entreprise au travers des études de terrain et des stages réalisés.

Formation professionnelle
Des partenaires industriels et du secteur des services participent au Conseil de perfectionnement et aux jurys de recrutement et d’obtention des diplômes (composés à parité avec les enseignants de la formation).

Une partie importante des enseignements est assurée par des professionnels.

Un apprentissage aux logiciels professionnels les plus courants est prévu en licence et en master.

Une place privilégiée est accordée, tout au long du parcours, aux études de terrain et aux stages (durée et encadrement).

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